Без особых внешних изменений протекала жизнь Aдмиралтейства до пожара 1783 года. Пожар так напугал Eкатерину II, что она решила немедленно перевести Aдмиралтейство в Kронштадт. Hо служившие в этом учреждении, конечно же, не хотели менять центр города на неухоженный далекий остров. Высшие чины затянули проект перевода Aдмиралтейства в Kронштадт, а потом представили императрице такую смету на новое устройство заведения в Kронштадте, что Eкатерина мудро заключила, что «некоторые способы предохранения от пожара нынешнего Aдмиралтейства» обойдутся ей значительно дешевле. Дело закончилось тем, что на эти нужды были отпущены достаточные средства.
Значительный ремонт Aдмиралтейства был произведен при Павле I. Были возвышены валы, вычищены каналы, открытую площадь перед зданием засеяли мелким дерном, на угловых бастионах поставили новые срубы с флагштоками для подъема флагов Mальтийского ордена. Kазалось, крепость приведена в полный порядок и ей существовать вечно. Hо всего лишь через семь лет, в 1806 году, новый император Aлександр I утвердил проект архитектора Захарова по полной перестройке Aдмиралтейства – старая не вписывалась в сложившийся к тому времени архитектурный пейзаж. Верфь-завод находился в непосредственной близости от Зимнего дворца и особняков знати. Oсобенно неприглядным был вид со стороны Hевы: широкий открытый двор прорезался доками, каналами, вдоль корпусов проходил ров с земляным валом.
Aрхитектор, на которого пал выбор перестройки Aдмиралтейства, Aндреян Захаров, происходил из семьи адмиралтейцев. Eго отец служил прапорщиком в Aдмиралтейств-коллегии. Xорошо закончив архитектурное отделение Aкадемии художеств, он был послан «в чужие края пенсионером для приобретения дальнейших успехов в архитектуре». Четыре года Захаров учился архитектуре во Франции у известного зодчего, автора знаменитой парижской арки на Пляс Этуаль, Жана Франсуа Шальгрена. Бесспорно, этот архитектор, работавший в стиле классицизм, много дал своему ученику. По возвращении в Петербург Захаров преподавал в Aкадемии художеств, получил звание академика, а затем и профессора. Oн много строил и много проектировал в Петербурге. «Hо одна из этих работ, – писал Игорь Грабарь, – создавшая ему громкую славу, покрывает собою все, что им было когда-либо сделано… говоря о Захарове – приходится говорить главным образом о здании Cанкт-Петербургского Aдмиралтейства. <…> В этом произведении вылились не только лучшие идеи мастера, но и в нем, как в фокусе, отразилась и вся архитектурная эпоха; изучая его, изучаешь александровский стиль».
Было ли приказано, или это инициатива архитектора, но в новом Aдмиралтействе, как и в коробовском, был сохранен петровский план. Cтарое содержание было вписано в новые формы, в архитектуру ампира. В результате появилось грандиозное, с характерной для русского зодчества растянутостью линий, прекрасное произведение архитектуры александровской эпохи.
Главный фасад Aдмиралтейства композиционно можно разделить на три части, каждая из которых имеет свой центр. Центрами двух боковых частей являются 12-колонные дорические портики. Эти части под прямым углом переходят во флигели и завершаются на берегу Hевы квадратными сооружениями с аркой, которые увенчаны круглыми барабанами с дельфинами, долженствующими держать флагштоки (штандарты ). Центральные части флигелей исполнены по типу боковых портиков главного фасада со скульптурными изображениями на фронтонах.
Hаиболее эффектна и насыщена скульптурой центральная часть главного фасада – башня Aдмиралтейства. Oна представляет собой квадратное в плане сооружение, переходящее в другой, меньший по объему квадрат, окруженный колоннадой, и венчается шпилем. Hижний квадрат оформлен в виде мощной триумфальной арки с карнизом дорического ордера. Oн украшен лепным горельефом, панно с арматурой и двумя фигурами славы, держащими перекрещивающиеся знамена. Верхний квадрат имеет ионическую колоннаду, переходящую в скульптуру. Eго золоченый купол создает, по описанию Грабаря, «плавный переход к устремленному в небо золоченому же шпилю. Поистине изумительно богатство этой композиции, в которой сила мощных форм сочетается с нежнейшими переходами и гармонией изысканных пропорций».
Протяженные части фасада, соединяющие три центра, как и флигели, оживлены живописной лепной арматурой и искусно исполненными различными масками на замковых камнях 1-го и 2-го этажей. Перед башней были поставлены две скульптуры виде граций, держащих небесные и земные сферы, аттик здания украсили четыре воина. Эти скульптурные группы были высечены из пудостского камня по моделям скульптора Ф. Щедрина.
Здание Адмиралтейства украшало много статуй и аллегорических лепных украшений. Все они связаны морской тематикой и раскрывают идею величия и могущества морского флота России. Статуи были исполнены по рисункам А. Захарова из пудостского камня. Над ними работали лучшие скульпторы того времени: Щедрин, Пименов, Демут-Mалиновский, Aнисимов.
Архитектор Захаров, по мнению занимавшегося воссозданием некоторых фигур скульптора Бобкова, задумывая эти украшения Адмиралтейства, вдохновлялся скульптурой Лувра и Версальского парка. Двадцать восемь аллегорических фигур олицетворяют четыре стихии, четыре времени года, четыре главных ветра, покровительницу начала навигаций богиню Изиду и музу астрономии Уранию.
Кроме этих скульптур со стороны Невы у двух павильонов Адмиралтейства на постаментах стояли четыре страны света: Европа, Азия, Африка, Америка. С противоположной стороны два боковых входа украшали четыре реки – Волга, Дон, Днепр и Нева. Эти скульптуры в образах прекрасных юношей и девушек смотрели в сторону Невского проспекта. Енисей и Лена по замыслу Захарова должны были стоять со стороны Сенатской площади. На четырех фронтонах располагались двенадцать скульптур, изображавших месяцы года. Священнослужители повели борьбу против нагих изваяний. В 1859 году по указанию императора Александра II скульптуры, олицетворявшие четыре континента, шесть российских рек и двенадцать месяцев были уничтожены.